酒のほかに古来から薬物として用いられたものの中心は、草木の皮、根、果実や葉など薬用植物といわれるものでした。富士川游著、日本医学史綱要には薬用植物として葛（くず）、蕉青（カブラ）、蒲黄（ガマの花）、薄（ススキ）、葦（ヨシ）、比々羅木（ヒイラギ）、樺（カバ）、桃、赤酸醤（ホウヅキ）、柏、樫、真堅木（マサヤキ）、楓（カエデ）、挙樹（クヌギ）、羅（ラ；ガーゼのような薄い布？）、檜（ヒノキ）、茜（アカネ）、葡萄（ブドウ）、海布（メ；ワカメなどの海藻）、蜀椒（ナルハシカミ；山椒）、胡桃（クルミ）、竹などがあり、中でも蒲黄や桃は治療に用いた記録があると述べられています。一方、江戸時代（1558年）に佐藤方定（佐藤神符満）が著した備急八薬新論には、人参、附子（ブシ）、原朴（ホウノキ）、甘草（右の写真）、胡椒、丹砂、巴豆（ハズ）、大黄が挙げられています。この中には丹砂のように鉱物も含まれていますが、これら八薬は神代から治療に用いられるとのことです。

　典薬寮の付属施設である薬園では、薬園師の統率でこれらの薬用植物が薬戸により栽培、管理されていましたが、薬園は朝廷の支配が及ぶ各地に存在したようです。